Федераль таможня хеҙмәте байрағы – ойошманың рәсми символы һәм реликвияһы таможня органдарының традицияларын сағылдыра. Ул 3 яҡ ситенән аҡ көймәле алтынһыу үрелгән орнамент төшкән йәшел төҫтәге дүртмөйөшлө туҡыма. Байраҡтың уртаһында алтын төҫтәге тажлы ике башлы сәмреғош урынлашҡан. Тиҫкәре яғында – Федераль таможня хеҙмәтенең эмблемаһы – факел һәм жезл төшөрөлгән зөбәржәт төҫөндәге дүртмөйөшлө геральдик ҡалҡан төшөрөлгән.